1. Проверяем в head — прописано ли canonical:
<head>
...
<link href="http://сайт/раздел" rel="canonical" />
...
</head>
2. Если нет, тогда находим файл /catalog/controller/product/category.php и после строк
$this->document->setDescription($category_info['meta_description']);
$this->document->setKeywords($category_info['meta_keyword']);
Вставляем:
$this->document->addLink($this->url->link('product/product', 'path=' . $this->request->get['path']), 'canonical');