Добавили фавикон в SVG формате, но в Яндексе по-прежнему висит рекомендация «Добавьте файл favicon в формате SVG или размером 120 × 120 пикселей»?
Проверьте, чтобы в коде SVG перед всеми href должны стоял xlink:
Пример: xlink:href=»data:
Это требуется, поскольку Яндекс поддерживает стандарт SVG1.1.